در یک مجموعه پویا و چندبخشی مانند جهاد تبیین، اجرای دقیق، منظم و به‌موقع برنامه‌ها نیازمند ساختاری حرفه‌ای برای برنامه‌ریزی، پیگیری و ارزیابی پروژه‌هاست. واحد مدیریت پروژه به‌همین منظور طراحی شده تا مسئولیت هدایت، کنترل و هماهنگی پروژه‌های گوناگون مجموعه را بر عهده گیرد؛ پروژه‌هایی که در حوزه‌های آموزش، تولید محتوا، برگزاری رویداد، تبلیغات، فناوری و سایر عرصه‌های تبیینی اجرا می‌شوند.
این واحد با تکیه بر دانش مدیریت پروژه، ابزارهای برنامه‌ریزی، کنترل زمان، منابع و هزینه، تلاش می‌کند هر طرح و برنامه‌ای را از مرحله ایده‌پردازی تا اجرا و ارزیابی نهایی، به‌صورت نظام‌مند و هدفمند هدایت کند.
برخی از مأموریت‌ها و فعالیت‌های کلیدی این واحد عبارت‌اند از:
تهیه و تدوین ساختار پروژه‌ها (WBS) و تنظیم جدول زمان‌بندی (Time Schedule)
برآورد منابع مورد نیاز (مالی، انسانی، تجهیزاتی) و هماهنگی تأمین آن‌ها
نظارت بر اجرای دقیق فعالیت‌ها طبق زمان‌بندی و شاخص‌های عملکرد (KPI)
مدیریت ریسک‌ها و مشکلات احتمالی حین اجرای پروژه
ارزیابی نهایی و گزارش‌دهی پیشرفت پروژه‌ها به مدیران ارشد و واحدهای نظارتی
واحد مدیریت پروژه در واقع به‌عنوان هماهنگ‌کننده میدانی و ساختاری بین واحدهای مختلف عمل می‌کند؛ تا از اتلاف منابع، دوباره‌کاری، تأخیر در اجرا و تداخل فعالیت‌ها جلوگیری شود و هر پروژه، طبق هدف از پیش تعیین‌شده، در زمان مشخص به نتیجه برسد.
همچنین این واحد با بهره‌گیری از نرم‌افزارهای مدیریت پروژه و روش‌های استاندارد مانند PMBOK یا Agile، ضمن حفظ انعطاف‌پذیری در اجرا، بر مستندسازی و یادگیری سازمانی نیز تأکید دارد؛ تا تجربه‌های موفق یا چالش‌برانگیز، چراغ راه پروژه‌های بعدی باشد.
در نهایت، واحد مدیریت پروژه ضامن تحقق دقیق اهداف جهاد تبیین در میدان عمل است؛ پلی میان تصمیم‌گیری راهبردی و اجرای میدانی، که با نظم، دقت و برنامه‌محوری، حرکت مجموعه را به‌سوی نتایج ملموس و اثربخش هدایت می‌کند.